初めに魚の糞からアンモニアが発生します。次にアンモニアを分解するバクテリアが発生して、アンモニアは亜硝酸に変化します。次に、亜硝酸を分解して硝酸塩に変えるバクテリアが発生します。この硝酸塩は、水草の肥料となるのです。

水草は、光エネルギー（蛍光灯）を受けながら、二酸化炭素を吸収し光合成を行い、酸素を放出します。次に魚が水草から放出された酸素を吸収し、分解者である微生物が魚の糞を餌にして分解作用、つまり濾過を行うのです。

この様にして、水槽内のループ（小宇宙）は形成されて行きます。そして、このループのバランス（水槽内の自給自足）が完璧にとれた状態、つまり水槽内の水草が放出する酸素の量と、魚が必要とする酸素の量が同じで、魚の糞や食べ残しが微生物濾過されて水草の肥料となって浄化された状態を「バランスド・アクアリウム」と呼び、この様な水槽は苔も付きにくく、魚にとっても良い状態と言えます。

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